明确癫痫诊断后，开始抗癫痫治疗。国内外资料显示，通过规范化治疗，70%-80%的癫痫发作能够得到完全控制。如果开始治疗2年内癫痫发作仍不能完全控制，以后的缓解率将下降一半。绝大部分病人临床发作完全缓解出现在开始治疗的5年内，而发病后5年仍有较多发作的病例，其最后缓解率明显下降。因此认为，大部分病人发作缓解出现在治疗的最初2～5年，随着时间的推移，缓解的可能性逐渐降低。对新诊断的癫痫在开始治疗的2年内能完全控制发作，则有可能预示着长期缓解。
治疗前癫痫发作的次数是癫痫发作缓解的独立重要预测因子。治疗越早，发作次数越少，缓解的可能性越大。因此，部分性发作或具有多种发作类型、开始治疗前频繁癫痫发作、合并神经系统缺陷及精神发育迟滞、有家族史以及围产期损伤，均提示预后较差。
一、单药和多药治疗对新诊断的癫痫预后的影响
首次单药治疗对新诊断的癫痫的有效率约50%。当应用第一种抗癫痫药物治疗失败，应用第二种药物的有效率将明显下降，约10%-20%。而第三种药物或联合治疗的有效率更低，约5%。因此，第一次抗癫痫治疗失败，有可能对以后的治疗反应也较差。
二、停药和复发
70%～80%癫痫人经药物治疗后，癫痫发作可得到缓解。一般情况下，发作完全缓解2～5年后，可以考虑停药，停药后大部分的患者可获终身缓解。但部分患者的发作可能复发。因此，停药后的复发问题一直受到临床医师的普遍关注。复发大部分发生在停药后1年之内，停药早期特别是3～6个月内复发率高。儿童癫痫的复发率较低，而成人癫痫的复发率较高。
总之，将癫痫的预后一般可分为三类：
(一)预后良好：这类病人在经过一段时间的发作后，即使没有经过治疗也可获得长期缓解。如果治疗，一般第一次或第二次单药治疗即可控制发作，且经过一段时间的缓解期后均可成功停药。属于这类预后的癫痫综合征有良性新生儿癫痫发作，良性Rolando癫痫和儿童失神癫痫。
(二)预后一般：这类病人持续应用抗癫痫药物可控制癫痫发作。有些病人可能需要2种或三种药物联合治疗方能有效。癫痫发生的原因可能并未消除，停药后容易复发。属于这类的癫痫综合征有少年肌阵挛癫痫和大部分与局灶部位有关的癫痫。
(三)预后较差：此类病人尽管正规治疗仍持续有癫痫发作。反复癫痫发作的频率和程度可有所不同，一些病人频繁发作称为难治性癫痫。药物治疗至多可改善癫痫发作的频率和严重程度。属于这类的疾病包括一些症状性或隐源性和部位有关的癫痫如：和海马硬化有关的颞叶癫痫，进行性肌阵挛性癫痫，脑内结构异常所致癫痫，婴儿痉挛等。
